Sistem Pengajaran Di FK USAKTI ada 2 (dua) :

I.     Program Studi Sarjana Kedokteran (PSSK)

Program ini berjalan selama 6 (enam) semester Kuliah Modul dan 1 (satu) semester untuk kepaniteraan klinik dasar yang terdiri dari : 

• 1. Modul Pengantar Metodologi Pembelajaran dan Penelitian (MP1)
• 2. Modul Pengantar Komunikasi Medik dan Bio Etika (MP2)
• 3. Modul Pengantar Biologi Medik (MP3)
• 4. Modul Pengantar Biokimia Medik (MP4)
• 5. Modul Pengantar Anatomi dan Fisiologi Medik (MP5)
• 6. Modul Pengantar Diagnostik Laboratorik dan Terapi Farmakologik (MP6)
• 7. Modul Pengantar Klinik Medik (MP7)
• 8. Modul Pengantar Klinik Bedah (MP8)
• 9. Modul Pengantar Kesehatan Keluarga dan Masyarakat (MP9)
• 10. Modul Pengantar Alat Penunjang Medik (MP10)
• 11. Modul Jantung dan Pembuluh Darah (KV)
• 12. Modul Saluran Pernapasan (Pul)
• 13. Modul Saluran Cerna dan Hati (GEH)
• 14. Modul Ginjal dan Saluran Kemih (NU)
• 15. Modul Kebidanan dan Sistem Reproduksi (OGR)
• 16. Modul Endokrin, Metabolik dan Gizi (EMG)
• 17. Modul Darah dan Sistem Getah Bening (HOM)
• 18. Modul Tropik - Infeksi (TI)
• 19. Modul Alergi - Imunologi - Intoksikasi (AI)
• 20. Modul Susunan Saraf (SS)
• 21. Modul Tumbuh Kembang (TK)
• 22. Modul Tulang, Otot dan Sendi (RM)
• 23. Modul Penglihatan dan Pendengaran (PP)
• 24. Modul Kesehatan Mental Emosional (ME)
• 25. Modul Kulit dan Penyakit Menular Seksual (KPMS)
• 26. Modul Geriatri dan Gerontologi Medik (Ger)
• 27. Modul Forensik (For)
• 28. Modul Manajemen Kedokteran Keluarga dan Komunitas (MKK)
• 29. Modul Prosedur Tindakan Medik dan Keperawatan (TMK)
• 30. Hukum dan Moral Kedokteran (HAM)
• 31. Modul Kepaniteraan Klinik Dasar ( PANDAS )

       Jadwal Kuliah Modul sebagai berikut :

II. Program Studi Profesi Dokter (PSPD)

Besar Beban Studi

Masing-masing Bagian/UPF di Rumah Sakit Pendidikan dalam Program Studi Profesi Dokter memiliki beban studi dan lama kepaniteraan yang ditempuh selama 4 (empat) semester sebagai berikut :

Keseluruhan kepaniteraan klinik mempunyai beban studi 40 sks dan berlangsung selama  100 (seratus) minggu terdiri dari 5 (lima)  kepaniteraan  klinik  Mayor  dan 10 (sepuluh) kepaniteraan klinik  Minor.

Beban 1 sks kepaniteraan klinik adalah setara dengan 2 ½ (dua setengah) minggu kegiatan di  Rumah Sakit Pendidikan atau tempat lainnya.  

Keterangan :

• Kesehatan Masyarakat dilaksanakan di Puskesmas (Jakarta Selatan) dan Bagian Kesehatan Masyarakat Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro Semarang.
• Ilmu Kedokteran Kehakiman / Ilmu Forensik dilaksanakan di Laboratorium Forensik Fakultas Kedokteran Negeri (Universitas Indonesia, Universitas Gadjah Mada, Universitas Airlangga serta Universitas Diponegoro)
• Hiperkes dilaksanakan di Fakultas Kedokteran Universitas Trisakti dan Departemen Tenaga Kerja.